Program Studi Magister Agroteknologi mulai berdiri pada tahun 2017 dengan surat ijin operasionalnya melalui SK Menristekdikti RI No. 389/KPT/I/2017 tentang Izin pembukaan Program Studi Magister Agroteknologi pada Universitas Siliwangi di Kota Tasikmalaya. Program Studi Magister Agroteknologi mulai menerima mahasiswa baru pada Tahun Akademik 2017/2018. Pada tahun 2021 Program Studi Magister Agroteknologi sudah terakreditasi melalui SK 1479/SK/BAN-PT/Akred/M/III/2021.